Beberapa bulan setelah peluncuran DLC keduanya, Final Fantasy 16 merilis pembaruan versi 1.33 untuk memperbaiki beberapa bug dan memberi pemain opsi kode warna untuk membantu pengaturan kontrol khusus. Pembaruan Final Fantasy 16 yang baru memerlukan ruang kurang dari 300 MB untuk mengunduh dan menginstal, dan mengikuti pola pembaruan serupa yang dirilis pada tahun 2024.
Meskipun Final Fantasy 16 sebagian besar telah mengakhiri pengembangannya, hal itu tidak menghentikan Creative Studio 3 untuk terus mendukung judul eksklusif PS5. Pada bulan April 2024, pemain Final Fantasy 16 menemukan bug yang menghalangi kemajuan dalam mode Game+ Baru. Jika pemain yang memulai Game+ Baru memilih untuk melewati prolog, ada kemungkinan bug akan menghalangi anggota party untuk muncul. Jadi, bug tersebut akan membuat kemajuan menjadi tidak mungkin pada awalnya. Meskipun bug tidak akan muncul jika pemain menyelesaikan prolog dalam mode Game+ Baru, Final Fantasy 16 telah diperbarui ke versi 1.32 pada tanggal 2 Mei untuk mengatasinya.
Lebih dari sebulan setelah pembaruan sebelumnya, Final Fantasy 16 terus mengatasi masalah yang masih ada pada game tersebut. Pada tanggal 6 Juni, Final Fantasy 16 meluncurkan versi 1.33, dengan ukuran unduhan di bawah 300MB untuk pembaruan. Baik game dasar maupun perluasannya menerima pembaruan untuk mengatasi bug. Menurut catatan tempel, Final Fantasy 16 versi 1.33 menambahkan opsi kode warna baru ke tata letak pengontrol khusus untuk berbagai penetapan tombol. Opsi kode warna baru ditambahkan untuk meningkatkan visibilitas dan memberi pemain tingkat penyesuaian dalam antarmuka pengguna. Beberapa masalah hitbox dan perintah pertempuran juga telah diatasi, termasuk kemampuan Precision Sic Torgal dan perintah lain yang tidak berfungsi saat menggunakan tata letak khusus.
Tata letak pengontrol khusus ditambahkan di Final Fantasy 16 versi 1.30, yang diluncurkan bersamaan dengan DLC Rising Tide pada April 2024. Selain pembaruan pertarungan, fitur pengetahuan Final Fantasy 16, State of the Realm, mengalami beberapa perubahan kecil di versi 1.33. Beberapa ketidakkonsistenan dan informasi yang salah dalam laporan State of the Realm telah diatasi, dan beberapa kesalahan ejaan dan tata bahasa telah diperbaiki.
Menanggapi pembaruan versi 1.33, beberapa pemain Final Fantasy 16 menunjukkan bahwa frame rate game yang tidak konsisten masih menjadi masalah yang belum terselesaikan. Saat Final Fantasy 16 terus bekerja pada port PC-nya, masih harus dilihat pembaruan lebih lanjut apa yang akan diberikan Creative Studio 3 sebelum peluncurannya.